Tarsus Üniversitesinin temelleri 1992 yılında Mersin Üniversitesine bağlı olarak kurulan Tarsus Meslek Yüksekokulu ve Tarsus Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu ile atılmıştır. 2001 yılında Tarsus Teknik Eğitim Fakültesi, 2005 yılında Tarsus Uygulamalı Teknoloji ve İşletmecilik Yüksekokulu, 2009 yılında Tarsus Teknoloji Fakültesi ve 2015 yılında Havacılık ve Uzay Bilimleri Fakültesi kurulmuştur. Tarsus Üniversitesi, 18 Mayıs 2018 tarihli ve 30425 sayılı Resmî Gazete’ de yayımlanan 7141 sayılı “Yükseköğretim Kanunu ile Bazı Kanun ve Kanun Hükmünde Kararnamelerde  Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun" ile kurulmuştur. Bu Kanun’la, Mersin Üniversitesine bağlı olan yukarıdaki akademik birimler Tarsus Üniversitesine bağlanmış ayrıca  iki yeni fakülte  ve bir enstitü kurulmuştur: İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, İnsan ve Toplum Bilimleri Fakültesi ve Lisansüstü Eğitim Enstitüsü. 18 Nisan 2019 tarihli Resmî Gazete’de yayımlanan 17/04/2019 tarih ve 968 sayılı Cumhurbaşkanı Kararı ile Mühendislik Fakültesi kurulmuştur. 25 Haziran 2019 tarihli Resmî Gazete’de yayımlanan 24/06/2019 tarih ve 1157 sayılı Cumhurbaşkanı Kararı ile Uygulamalı Teknoloji ve İşletmecilik Yüksekokulu kapatılarak,  Uygulamalı Bilimler Fakültesi kurulmuştur.  8 Ocak 2020 tarihli Resmî Gazete’de yayımlanan 07/01/2020 tarih ve 2036 sayılı Cumhurbaşkanı Kararı ile Sağlık Bilimleri Fakültesi kurulmuştur.  21 Mayıs 2020 tarihli Yükseköğretim Genel Kurulu kararı ile Mersin Tarsus Organize Sanayi Bölgesi Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu kurulmuştur. 29 Haziran 2021 tarihli Resmî Gazete’de yayımlanan 28/06/2021 tarih ve 4180 sayılı Cumhurbaşkanı Kararı ile Yabancı Diller Yüksekokulu kurulmuştır. Böylelikle Tarsus Üniversitesi;  1 enstitü, 7 fakülte , 1 yüksekokul ve 3 meslek yüksekokulundan müteşekkildir.